Ricostruita grazie all’interessamento di Ascanio Colonna, assunse dimensioni maggiori. Venne articolata in tre navate, rette da tre piloni per lato, e con tre cappelle totali. Nel 1613 vi fu proclamato patrono San Carlo Borromeo.

Negli anni la piccola chiesa venne abbandonata, fino al crollo l’11 settembre 1747, che uccise una donna e ne ferì sette, oltre a provocare il crollo di alcune abitazioni. L’edificio venne ristrutturato e riaperto al pubblico nel 1865, grazie all’interessamento dell’Arciprete Girolamo Sciamplicotti. All’interno vi si trovano opere dello scultore tedesco Theodor Wilhelm Achterman.