L’edificio originariamente presentava una pianta rettangolare, alla quale venne aggiunto dal Vanvitelli un corpo perpendicolare che gli conferì la classica forma a T. Gli ambienti sono divisi in quattro piani, due dei quali hanno un’altezza maggiore.
La facciata divisa in pilastri include un portico a tre arcate. L’ultimo piano è impreziosito dalla loggia Belvedere, dalla quale si gode dello splendido panorama della campagna romana. Del ninfeo e del giardino originari non rimangono che tracce, mentre dei monumenti del parco è conservato solo il terrazzamento frontale alla facciata, con la piccola fontana a forma di conchiglia.
La Villa Tuscolana Ruffinella ebbe diversi proprietari. Nel 1578 passò alla Camera Apostolica, che la vendette al Cardinale Guido Ferreri, nipote di San Carlo Borromeo. In seguito a lavori di ristrutturazione venne acquisita dal Cardinale Francesco Sforza, poi passò nelle mani di Mario Santi di Santifiori, del Cardinale Giovanni Vincenzo Gonzaga, di Vincenzo Nobili e nel 1604 venne acquistata da Papa Clemente VIII Aldobrandini, che la donò al nipote il Cardinale Pietro Aldobrandini. In seguito a varie successioni, nel 1740 venne acquistata dai Padri Gesuiti che l’adattarono a convento, grazie al genio dell’architetto Luigi Vanvitelli.
In seguito alla soppressione dell’ordine (1773), la Villa tornò nelle mani della Camera Apostolica, per passare nelle mani di Luciano Bonaparte, Maria Anna di Savoia e Maria Cristina, moglie del Re Carlo Felice. Nel 1872 Vittorio Emanuele II la vendette ad Elisabetta Aldobrandini che la conservò fino al 1966, anno in cui venne acquistata dai Salesiani.