In seguito alla sua morte nel 1566, gli eredi la cedettero al Cardinale Tolomeo Galli che fece edificare un nuovo stabile. Nel 1607 la Villa venne venduta al Cardinale Scipione Borghese che la ristrutturò grazie al fantastico lavoro dei maestri Giovanni Fontana, Carlo Maderno e Flaminio Ponzio, che realizzarono il sistema di fontane e progettarono l’acquedotto per alimentarle, arricchendo il parco con i fantastici giochi prodotti dalla commistione tra acqua e natura. In seguito la Villa è divenuta proprietà di diverse famiglie, tra i quali gli Altemps, i Colonna, gli Sforza ed infine i Torlonia.

I bombardamenti bellici hanno interamente distrutto la residenza originaria. Attualmente all’interno del parco troviamo un edificio di moderna costruzione, ma la fontana della parte alta ed il Teatro delle Acque rimangono ancora un’attrattiva che ricorda l’antico splendore delle casate che vi si sono succedute.