Colonna, schon von weitem an der unverwechselbaren Form des „dindarolo“ (Spardose) erkennbar, wie der Wasserspeicher in Form einer Spardose im Volksmund genannt wird, der die gesamte Altstadt beherrscht, liegt auf den nördlichen Hügeln des Vulcano Laziale, zwischen der Autobahn und der Via Casilina, an der Grenze zwischen den Castelli Romani und dem Gebiet der Valle Latina.
Der Name des Ortes stammt wahrscheinlich von den Überresten einer antiken römischen Säule und nicht, wie viele glauben, von der Familie Colonna: der Name Columna wird nämlich schon in einem Dokument aus dem Jahr 1047 erwähnt, also vor der Geburt dieser antiken Familie; es war jedoch der Name der Adelsfamilie, der sich von der Gemeinde ableitete, als im Jahr 1101 Pietro, ein Nachkomme der Grafen von Tusculum, das Gebiet der Colonna als Erbe erhielt und den Namen Petrus de Columna annahm.
Die Ursprünge des Ortes reichen bis in die Antike zurück, wie Überreste aus der Bronzezeit belegen. Der erste bewohnte Kern stammt aus der Römerzeit und ist als Labici Quintanense belegt, gegründet nach der Einnahme der latinischen Stadt Labicum, die 414 v. Chr. von den Römern unter Quintus Servilius Priscus besiegt wurde.
Im dem IV. Jahrhundert wurde Labici Quintanense Bischofssitz und es begann eine lange Zeit des Reichtums und der Pracht, die um 1111 durch die Invasion der Barbaren sowie durch Epidemien und Hungersnöte unterbrochen wurde. Das heutige Stadtzentrum entwickelte sich in jener Zeit, als die Bevölkerung vor der Pest, dem Hunger und der Gewalt floh und sich auf den Hügel zurückzog, auf dem sich heute die Altstadt befindet.
Die Adelsfamilie Colonna bewohnte das Städtchen seit 1101 und errichtete hier ihre Burg. Die Colonna waren jedoch kirchenfeindlich, d.h. ghibellinisch, und ihre Differenzen mit der Kirche waren so stark, dass Papst Bonifaz VIII. 1298 die Zerstörung ihres gesamten Besitzes und die Beschlagnahmung eines Großteils ihrer Güter anordnete.
Etwa zehn Jahre später gab Papst Clemens V. den Colonna ihr Lehen (Castrum Columnae) zurück, das die Familie bis 1662 behielt, als sie es an Kardinal Ludovico Ludovisi verkaufte. Als dieser 1710 starb, ging es an Giovanbattista Rospigliosi, Fürst von Pallavicini.
Im Jahre 1848 verzichteten die Fürsten Pallavicini auf ihre Ansprüche und Colonna wurde eine Gemeinde.
Während des Zweiten Weltkrieges war Colonna Sitz eines deutschen Militärkommandos und wurde aus diesem Grund mehrmals bombardiert.
Neben der Landwirtschaft und dem Handwerk ist heute der Tourismus eine wichtige Einnahmequelle der Stadt.