Il nucleo centrale dell’edificio venne costruito tra il 1604 ed il 1605; nel 1614 la residenza venne poi ceduta al Cardinal Scipione Borghese che già possedeva le confinanti Villa Mondragone e Villa Vecchia: per questo è chiamata anche Villa Borghese.

I lavori di ristrutturazione, per realizzare l’ambizioso progetto di riunire le proprietà della casata, vennero affidati a Girolamo Rainaldi. In quel periodo furono annesse due ali laterali al corpo centrale e furono realizzati il ninfeo, il giardino segreto ed il Portale delle Armi, che permetteva un unico accesso alle tre proprietà.

Altri lavori di ristrutturazione vennero effettuati sotto Camillo Borghese nel 1729, e durante tutto il secolo la residenza venne abbellita con dipinti ed affreschi, e per molti anni fu residenza di Paolina Borghese, moglie del Principe Camillo Filippo Ludovico Borghese.

Nel 1896 Villa Taverna-Borghese venne acquistata da Saverio Parisi, la cui famiglia ne è tuttora proprietaria.

All’interno, sulle pareti del salone centrale le decorazioni, realizzate tra il 1735 ed il 1736 sono opera dei fratelli Valeriani, nella Galleria delle Statue i dipinti paesaggistici vennero realizzati da Monsù Ignazio Heldman, detto il Bavarese; nella Stanza delle Colonne gli affreschi sono attribuiti a Taddeo Kuntz.