Il Museo delle Navi Romane di Nemi viene realizzato dall’architetto Vittorio Morpurgo tra il 1933 ed il 1939 per ospitare le due navi romane rinvenute nel bacino nemorense tra il 1928 ed il 1932.

Si trattava di una residenza da diporto dell’imperatore Caligola e di un tempio galleggiante dedicato al culto di Iside, che serviva anche per l’Isidis navigium, un rituale che chiedeva alla dea egiziana buoni auspici per l’inizio della stagione della navigazione. Le navi furono riscoperte sul fondo del lago già nel Medioevo e nel Cinquecento furono oggetto di studi da parte di archeologi interessati al loro recupero, che avvenne completamente solo nel 1932, grazie ad un ardito progetto di abbassamento del livello del lago di oltre dieci metri utilizzando un canale emissario.

Vennero affondate poco dopo la prima metà del I secolo d.C. a causa della damnatio memoriae che colpì l’imperatore e condannò all’oblio ogni bene a lui ricollegabile. La notte del 31 maggio del 1944 un incendio doloso, che coinvolse il Museo delle Navi Romane di Nemi, distrusse i due capolavori di ingegneristica romana, ma anche da ciò che resta, attualmente esposto all’interno di un’ala della struttura, si evince la grandiosità di ciò che era. L’altra ala del Museo è dedicata ai rinvenimenti provenienti dall’area dei Castelli Romani e dal santuario di Diana Nemorense, di poco distante.

La struttura museale venne riaperta al pubblico solo nel 1953 e successivamente, in seguito ad adeguate ristrutturazioni, è stata definitivamente riallestita nel 2001.