Questo evento portò al rallentamento dell’edificazione, in quanto il successore, il Cardinale Giovanni Battista Rospiglioni, restio alla costruzione della Chiesa, non concesse i fondi necessari al suo completamento. Fu il Cardinale Enrico Benedetto Stuart, duca di York, ad ottenere dalla Congregazione del Concilio la ripresa dei lavori, ai quali contribuì anche con fondi propri.

Accogliendo le richiese del Duca di York, la Principessa Maria Eleonora Caffarelli Rospigliosi ottenne da Papa Clemente XVI il permesso di poter utilizzare il fondo istituito dalla Duchessa Maria Camilla, per terminare la costruzione dell’edificio religioso.

In seguito alla consacrazione della chiesa, la famiglia Pallavicini ne reclamò al Vescovo di Frascati il diritto di proprietà (lo jus patronatus), per aver partecipato alle spese di edificazione. Ma la lunga diatriba si concluse con l’assegnazione della proprietà ai vescovi frascatani.

Durante la Seconda Guerra Mondiale i cittadini di Colonna fecero voto alla Santissima Vergine, chiedendo di venir risparmiati dai bombardamenti: in cambio loro avrebbero restaurato la chiesa. Poiché al termine del conflitto il bilancio fu di una sola bomba caduta sulla città ed un’unica vittima, come promesso i colonnesi iniziarono i lavori di ristrutturazione e l’esecuzione degli affreschi venne affidata al pittore Duilio Cambellotti.

All’artista attribuiamo la lunetta con croce policroma, la scena dell’Annunciazione nel catino centrale, i cantoni laterali decorati con croci di tralci di vite, e i due dipinti San Nicola Protettore di Colonna e la Tempesta sedata da San Nicola di Bari, rappresentante il miracolo del Santo.

All’interno è possibile ammirare dipinti di notevole interesse come l’opera del 1759 di Carlo Ciappini, posta nell’abside, che raffigura la Vergine con il Bambino, sorretta da angeli; alla sua destra San Nicola di Bari, in veste pastorale, la indica; alla sua sinistra San Filippo Benizi abbraccia un crocifisso .

A sinistra dell’altare maggiore è posta una statua in legno di San Nicola, Vescovo di Myra, con mitra e pastorale, ai suoi piedi ci sono tre bambini miracolati; le cappelle di destra sono dedicate la prima all’Immacolata Concezione, la seconda al Santissimo Salvatore, il dipinto è attribuito al celebre Maratta.

Inoltre ricordiamo l’acquasantiera posta alla sinistra dell’ingresso, costituita da una valva di conchiglia, recuperata dalla vecchia chiesa.

Il rosone all’ingresso è un’aggiunta recente.